Рекомендуется получать все необходимые однотипные данные одним запросом, вместо выполнения серии запросов.
// БанкиДляОбработки - содержит массив банков, счета в которых необходимо обработать
ЧастныйЗапрос = Новый Запрос;
ЧастныйЗапрос.Текст =
"ВЫБРАТЬ
| БанковскиеСчета.Ссылка КАК Счет
|ИЗ
| Справочник.БанковскиеСчета КАК БанковскиеСчета
|ГДЕ
| БанковскиеСчета.Банк = &Банк";
Для Каждого Банк Из БанкиДляОбработки Цикл
ЧастныйЗапрос.УстановитьПараметр("Банк", Банк);
ВыборкаСчетов = ЧастныйЗапрос.Выполнить().Выбрать();
Пока ВыборкаСчетов.Следующий() Цикл
ОбработатьСчетаВБанке(ВыборкаСчетов.Счет);
КонецЦикла;
КонецЦикла;// БанкиДляОбработки - содержит массив банков, счета в которых необходимо обработать
ОбщийЗапрос = Новый Запрос;
ОбщийЗапрос.Текст =
"ВЫБРАТЬ
| БанковскиеСчета.Ссылка КАК Счет
|ИЗ
| Справочник.БанковскиеСчета КАК БанковскиеСчета
|ГДЕ
| БанковскиеСчета.Банк В(&БанкиДляОбработки)";
ОбщийЗапрос.УстановитьПараметр("БанкиДляОбработки", БанкиДляОбработки);
ВыборкаСчетов = ОбщийЗапрос.Выполнить().Выбрать();
Пока ВыборкаСчетов.Следующий() Цикл
ОбработатьСчетаВБанке(ВыборкаСчетов.Счет);
КонецЦикла;