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title: Início
output:
html_document:
toc: true
css:
- CSS/logo-above-toc.css
- CSS/narrow-margins.css
- CSS/responsive.css
- CSS/generic.css
- CSS/main-color.css
---
<!--install and/or load all R packages-->
```{r setup, include = FALSE, echo = FALSE, warning = FALSE, message = FALSE, fig.align = 'center', out.width = "100%", results = "hide"}
# restart all variables
rm(list = ls(all = TRUE))
knitr::opts_chunk$set(
echo = FALSE,
warning = FALSE,
message = FALSE,
fig.align = 'center',
results = "asis",
include = TRUE,
out.width = "100%",
knitr.kable.NA = '--',
knitr.table.format = "html"
)
source("Scripts/all-required-packages.R", local = knitr::knit_global())
```
```{r nojekyll, results = "hide"}
if(!file.exists(".nojekyll")) {
file.create('.nojekyll')
}
```
```{r main-color, results = "hide"}
# read CSS color for this page
css <- cssparser::read_css("CSS/main-color.css")
main.color <- css$`:root`$`--mybackgroundcolor`
```
<!--create (if non existent) all required folders-->
```{r folders, results = "hide"}
dir.create(file.path(getwd(), "PPG"), showWarnings = FALSE)
dir.create(file.path(getwd(), "Sucupira"), showWarnings = FALSE)
```
<!--read METRIC files-->
```{r source-metrics-scripts, results = "hide"}
source(file.path("Scripts", "citescore.R"), local = knitr::knit_global())
source(file.path("Scripts", "sjr.R"), local = knitr::knit_global())
source(file.path("Scripts", "webqualis.R"), local = knitr::knit_global())
source("Scripts/doi_cleaner.R", local = knitr::knit_global())
source(file.path("Scripts", "get_citescore.R"),
local = knitr::knit_global())
source(file.path("Scripts", "get_sjr.R"), local = knitr::knit_global())
source(file.path("Scripts", "get_webqualis.R"),
local = knitr::knit_global())
# get metrics from Scopus, SCIMago and CAPES
source(file.path("Scripts", "get-metrics-from-sources.R"), local = knitr::knit_global())
```
<!--check Sucupira folder-->
```{r try-sucupira-files, results = "hide"}
files.to.read <-
list.dirs(file.path(getwd(), "Sucupira"),
full.names = TRUE,
recursive = FALSE)
has.sucupira.files <- length(files.to.read) != 0
has.artigos.completos.sucupira <- FALSE
has.artigos.resumos.sucupira <- FALSE
has.anais.sucupira <- FALSE
has.livros.sucupira <- FALSE
has.producao.sucupira <- FALSE
has.2024.2021 <- FALSE
has.2020.2017 <- FALSE
has.2016.2013 <- FALSE
has.2012.2010 <- FALSE
```
```{r try-periodos, results = "hide", eval = has.sucupira.files}
# get years
source("Scripts/years-sucupira.R")
# periodo
periodo <- 2021:min(as.numeric(format(Sys.Date(), "%Y")), 2024)
has.2024.2021 <- any(!is.na(match(periodo, anos)))
# periodo
periodo <- 2017:min(as.numeric(format(Sys.Date(), "%Y")), 2020)
has.2020.2017 <- any(!is.na(match(periodo, anos)))
# periodo
periodo <- 2013:min(as.numeric(format(Sys.Date(), "%Y")), 2016)
has.2016.2013 <- any(!is.na(match(periodo, anos)))
# periodo
periodo <- 2010:min(as.numeric(format(Sys.Date(), "%Y")), 2012)
has.2012.2010 <- any(!is.na(match(periodo, anos)))
```
<!--check PPG folder-->
```{r try-ppg-files, results = "hide"}
# list all PPG files
files.to.read <-
list.dirs(file.path(getwd(), "PPG"),
full.names = TRUE,
recursive = FALSE)
has.ppg.files <- length(files.to.read) != 0
has.artigos.completos.ppg <- FALSE
has.artigos.resumos.ppg <- FALSE
has.producao.ppg <- FALSE
```
<!--check available files in PPG folder-->
```{r try-agendas-pesquisa, results = "hide"}
has.agendas.pesquisa <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Agendas de Pesquisa.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE))
```
```{r try-apresentacao, results = "hide"}
has.apresentacao <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Apresentação.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE))
```
```{r try-area-capes, results = "hide"}
has.area.capes <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Área CAPES.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE))
```
```{r try-autoavaliacoes, results = "hide"}
has.autoavaliacao <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Autoavaliação.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE))
```
```{r try-avaliacao, results = "hide"}
has.avaliacao <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Avaliação.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE))
```
```{r try-bibliografia, results = "hide"}
has.bibliografia <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Bibliografia.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE))
```
```{r try-blog-externos, results = "hide"}
has.blogs.externos <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Blogs externos.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-blog-ies, results = "hide"}
has.blog.ies <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Blog institucional.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-bolsas, results = "hide"}
has.bolsas <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Bolsas.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-calendarios, results = "hide"}
has.calendarios <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Calendários.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-cep, results = "hide"}
has.cep <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Comitê de Ética em Pesquisa.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-convenios, results = "hide"}
has.convenios <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Convênios.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-cooperacoes, results = "hide"}
has.cooperacoes <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Cooperações.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-coordenacao, results = "hide"}
has.coordenacao <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Coordenação.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-dados-cadastrais, results = "hide"}
has.dados.cadastrais <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Dados Cadastrais.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-destaques, results = "hide"}
has.destaques <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Destaques.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-discentes, results = "hide"}
has.discentes <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Discentes.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-downloads, results = "hide"}
has.downloads <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Downloads.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-editais, results = "hide"}
has.editais <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Editais.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-financiadores, results = "hide"}
has.financiadores <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Financiadores.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-grupos-pesquisa, results = "hide"}
has.grupos.pesquisa <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Grupos de Pesquisa.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-historico, results = "hide"}
has.historico <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Histórico.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-infraestrutura, results = "hide"}
has.infraestrutura <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Infraestrutura.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-internacionalizacao, results = "hide"}
has.internacionalizacao <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Internacionalização.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-laboratorios, results = "hide"}
has.laboratorios <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Laboratórios.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-metodologia, results = "hide"}
has.metodologia <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Metodologia.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-notas, results = "hide"}
has.notas <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Notas.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-periodicos, results = "hide"}
has.periodicos <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Periódicos institucionais.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-planejamento, results = "hide"}
has.planejamento <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Planejamento estratégico.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-podcasts, results = "hide"}
has.podcasts <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Podcasts.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-premio-capes, results = "hide"}
has.premio.capes <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Prêmio CAPES de Tese.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-premios, results = "hide"}
has.premios <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Prêmios.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-producao, results = "hide"}
has.producao <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Produção.xlsx", sheet = 1),
silent = TRUE)
)
```
```{r try-repositorios, results = "hide"}
has.repositorios.sede <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Repositórios.xlsx", sheet = "Sede"),
silent = TRUE)
)
has.repositorios.cooperacao <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Repositórios.xlsx", sheet = "Cooperação"),
silent = TRUE)
)
```
```{r ppg-data, results = "hide", eval = all(has.dados.cadastrais, has.sucupira.files)}
# projetos - membros
sheet <- "Docentes"
source("Scripts/read-xlsx-sucupira.R", local = knitr::knit_global())
source("Scripts/years-sucupira.R", local = knitr::knit_global())
names(sucupira.list) <- as.character(anos)
# most recent Sucupira year
most.recent <-
as.character(ifelse(!is.null(sucupira.list[[format(Sys.Date(), "%Y")]]), format(Sys.Date(), "%Y"), max(as.numeric(
names(sucupira.list)
))))
# read separate sheets
docentes.raw <- sucupira.list[[most.recent]]
# get initials from the PPG data
nome.PPG <- unique(docentes.raw$'Nome do PPG')
nome.PPG.split <- stringr::str_split_1(as.character(nome.PPG)[[1]], " ")
match.stopwords <-
match(stringr::str_split_1(as.character(nome.PPG)[[1]], " "), tm::stopwords("portuguese"))
nome.PPG.no.stopwords <-
paste(nome.PPG.split[is.na(match.stopwords)], collapse = " ")
source("Scripts/get-initials.R")
sigla.PPG <- initials(nome.PPG.no.stopwords)
site.PPG <-
readxl::read_excel("PPG/Dados Cadastrais.xlsx",
sheet = "Endereço",
col_types = c("text"))[7, 2]
# qualquer planilha para obter os dados da IES
sheet <- "Docentes"
source("Scripts/read-xlsx-sucupira.R", local = knitr::knit_global())
nome.IES <- unique(sucupira.raw$`IES Nome`)
sigla.IES <- unique(sucupira.raw$`IES Sigla`)
```
```{r producao-sucupira, results = "hide", eval = has.sucupira.files}
# produções
sheet <- "Produções - Detalhes"
source("Scripts/read-xlsx-sucupira.R", local = knitr::knit_global())
# características
subtipo <- "ARTIGO EM PERIÓDICO"
detalhamento <- "Completo"
item.detalhamento <- c("Número do DOI", "URL do DOI", "URL")[1]
# Data selection
produtos <-
sucupira.raw %>% dplyr::select(
c(
"Nome da Produção",
"Subtipo de Produção",
"Item de Detalhamento",
"Valor do Item de Detalhamento"
)
)
# find titles of artigos completos
titles <- (
produtos$"Nome da Produção"[
produtos$"Subtipo de Produção" == subtipo &
produtos$"Valor do Item de Detalhamento" == detalhamento]
)
titles <- titles[!is.na(titles)]
doi_artigos_completos_sucupira <-
data.frame(DOI = matrix(NA, nrow = length(titles), ncol = 1))
if (dim(doi_artigos_completos_sucupira)[1] != 0) {
# data filter
for (i in 1:length(titles)) {
doi_artigos_completos_sucupira$DOI[i] <-
sucupira.raw$`Valor do Item de Detalhamento`[which(
and(
sucupira.raw$`Nome da Produção` == titles[i],
sucupira.raw$`Item de Detalhamento` == item.detalhamento
) == TRUE
)]
}
doi_artigos_completos_sucupira <- data.frame(doi_artigos_completos_sucupira[!is.na(doi_artigos_completos_sucupira)])
names(doi_artigos_completos_sucupira) <- "DOI"
}
has.artigos.completos.sucupira <-
length(doi_artigos_completos_sucupira) != 0
# características
subtipo <- "ARTIGO EM PERIÓDICO"
detalhamento <- "Resumo"
item.detalhamento <- c("Número do DOI", "URL do DOI", "URL")[1]
# Data selection
produtos <-
sucupira.raw %>% dplyr::select(
c(
"Nome da Produção",
"Subtipo de Produção",
"Item de Detalhamento",
"Valor do Item de Detalhamento"
)
)
# find titles of artigos completos
titles <- (
produtos$"Nome da Produção"[
produtos$"Subtipo de Produção" == subtipo &
produtos$"Valor do Item de Detalhamento" == detalhamento]
)
titles <- titles[!is.na(titles)]
doi_artigos_resumos_sucupira <-
data.frame(DOI = matrix(NA, nrow = length(titles), ncol = 1))
if (dim(doi_artigos_resumos_sucupira)[1] != 0) {
# data filter
for (i in 1:length(titles)) {
doi_artigos_resumos_sucupira$DOI[i] <-
sucupira.raw$`Valor do Item de Detalhamento`[which(
and(
sucupira.raw$`Nome da Produção` == titles[i],
sucupira.raw$`Item de Detalhamento` == item.detalhamento
) == TRUE
)]
}
doi_artigos_resumos_sucupira <- data.frame(doi_artigos_resumos_sucupira[!is.na(doi_artigos_resumos_sucupira)])
names(doi_artigos_resumos_sucupira) <- "DOI"
}
has.artigos.resumos.sucupira <-
length(doi_artigos_resumos_sucupira) != 0
# características
subtipo <- "TRABALHO EM ANAIS"
item.detalhamento <- "URL"
# Data selection
produtos <-
sucupira.raw %>% dplyr::select(
c(
"Nome da Produção",
"Subtipo de Produção",
"Item de Detalhamento",
"Valor do Item de Detalhamento"
)
)
# find titles of artigos completos
titles <- (
produtos$"Nome da Produção"[
produtos$"Subtipo de Produção" == subtipo]
)
titles <- titles[!is.na(titles)]
doi_anais_sucupira <-
data.frame(DOI = matrix(NA, nrow = length(titles), ncol = 1))
if (dim(doi_anais_sucupira)[1] != 0) {
# data filter
for (i in 1:length(titles)) {
doi_anais_sucupira$DOI[i] <-
sucupira.raw$`Valor do Item de Detalhamento`[which(
and(
sucupira.raw$`Nome da Produção` == titles[i],
sucupira.raw$`Item de Detalhamento` == item.detalhamento
) == TRUE
)]
}
doi_anais_sucupira <- data.frame(doi_anais_sucupira[!is.na(doi_anais_sucupira)])
names(doi_anais_sucupira) <- "DOI"
}
has.anais.sucupira <-
length(doi_anais_sucupira) != 0
# características
subtipo <- "LIVROS"
item.detalhamento <- "URL"
# Data selection
produtos <-
sucupira.raw %>% dplyr::select(
c(
"Nome da Produção",
"Subtipo de Produção",
"Item de Detalhamento",
"Valor do Item de Detalhamento"
)
)
# find titles of artigos completos
titles <- (
produtos$"Nome da Produção"[
produtos$"Subtipo de Produção" == subtipo]
)
titles <- titles[!is.na(titles)]
doi_livros_sucupira <-
data.frame(DOI = matrix(NA, nrow = length(titles), ncol = 1))
if (dim(doi_livros_sucupira)[1] != 0) {
# data filter
for (i in 1:length(titles)) {
doi_livros_sucupira$DOI[i] <-
sucupira.raw$`Valor do Item de Detalhamento`[which(
and(
sucupira.raw$`Nome da Produção` == titles[i],
sucupira.raw$`Item de Detalhamento` == item.detalhamento
) == TRUE
)]
}
doi_livros_sucupira <- data.frame(doi_livros_sucupira[!is.na(doi_livros_sucupira)])
names(doi_livros_sucupira) <- "DOI"
}
has.livros.sucupira <-
length(doi_livros_sucupira) != 0
has.producao.sucupira <-
any(has.artigos.completos.sucupira,
has.artigos.resumos.sucupira,
has.anais.sucupira,
has.livros.sucupira)
```
```{r producao-ppg, results = "hide"}
has.artigos.completos.ppg <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Produção.xlsx", sheet = "PI.completos"),
silent = TRUE))
if(!has.artigos.completos.ppg){
doi_with_altmetric_artigos = data.frame()
doi_without_altmetric_artigos = data.frame()
references_artigos = data.frame()
doi_with_altmetric_artigos_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_artigos_impacto = data.frame()
references_artigos_impacto = data.frame()
}
has.artigos.resumos.ppg <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Produção.xlsx", sheet = "PI.resumos"), silent = TRUE))
if(!has.artigos.resumos.ppg){
doi_with_altmetric_resumos = data.frame()
doi_without_altmetric_resumos = data.frame()
references_resumos = data.frame()
doi_with_altmetric_resumos_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_resumos_impacto = data.frame()
references_resumos_impacto = data.frame()
}
has.preprints.ppg <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Produção.xlsx", sheet = "PI.preprints"),
silent = TRUE))
if(!has.preprints.ppg){
doi_with_altmetric_preprints = data.frame()
doi_without_altmetric_preprints = data.frame()
references_preprints = data.frame()
doi_with_altmetric_preprints_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_preprints_impacto = data.frame()
references_preprints_impacto = data.frame()
}
has.livros.ppg <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Produção.xlsx", sheet = "PI.livros"), silent = TRUE))
if(!has.livros.ppg){
doi_with_altmetric_livros = data.frame()
doi_without_altmetric_livros = data.frame()
references_livros = data.frame()
doi_with_altmetric_livros_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_livros_impacto = data.frame()
references_livros_impacto = data.frame()
}
has.capitulos.ppg <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Produção.xlsx", sheet = "PI.capitulos"), silent = TRUE))
if(!has.capitulos.ppg){
doi_with_altmetric_capitulos = data.frame()
doi_without_altmetric_capitulos = data.frame()
references_capitulos = data.frame()
doi_with_altmetric_capitulos_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_capitulos_impacto = data.frame()
references_capitulos_impacto = data.frame()
}
has.anais.ppg <-
!is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Produção.xlsx", sheet = "PI.anais"), silent = TRUE))
if(!has.anais.ppg){
doi_with_altmetric_anais = data.frame()
doi_without_altmetric_anais = data.frame()
references_anais = data.frame()
doi_with_altmetric_anais_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_anais_impacto = data.frame()
references_anais_impacto = data.frame()
}
has.producao.ppg <-
any(has.artigos.completos.ppg,
has.artigos.resumos.ppg,
has.preprints.ppg,
has.livros.ppg,
has.capitulos.ppg,
has.anais.ppg)
```
```{r metrics-artigos-completos, results = "hide", cache = TRUE, cache.path = "cache/artigos-completos/", eval = any(has.artigos.completos.ppg, has.artigos.completos.sucupira)}
# bind PPG and SUCUPIRA DOIs
dois.ppg <- data.frame()
if(has.artigos.completos.ppg) {
# read data
data.sheet <-
data.frame(readxl::read_excel(
"PPG/Produção.xlsx",
sheet = "PI.completos",
col_types = c("text")
))
# select DOI column
dois.ppg <-
data.frame(DOI = data.sheet[, match("DOI", names(data.sheet))])
}
dois.sucupira <- data.frame()
if(has.artigos.completos.sucupira) {
dois.sucupira <- doi_artigos_completos_sucupira
}
dois <- data.frame(DOI = c(dois.sucupira$DOI, dois.ppg$DOI))
# Data cleaning
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!duplicated(dois)])
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!is.na(dois$DOI)])
# limpa as entradas de DOI
dois <- doi_cleaner(dois)
if(!sjmisc::is_empty(dois)) {
# cria metadados para rastreio pelo Altmetric
source("Scripts/altmetric-meta-from-dois.R",
local = knitr::knit_global())
# get metrics from Altmetric and CrossRef
source("Scripts/get-metrics-from-dois.R", local = knitr::knit_global())
# store to use downstream
doi_with_altmetric_artigos <-
get_metrics(
doi_with_altmetric = doi_with_altmetric,
doi_without_altmetric = NULL,
citescore,
scimago,
qualis
)
doi_without_altmetric_artigos <-
get_metrics(
doi_with_altmetric = NULL,
doi_without_altmetric = doi_without_altmetric,
citescore,
scimago,
qualis
)
# obtain formatted references
formatted_citations <-
rcrossref::cr_cn(
c(
doi_with_altmetric_artigos$doi,
doi_without_altmetric_artigos$doi
),
format = "text",
raw = TRUE,
style = "american-medical-association"
)
formatted_citations <- substring(formatted_citations, 3)
formatted_citations <-
cbind(seq(1, length(formatted_citations)), formatted_citations)
names(formatted_citations) <- c("ID", "Reference")
references_artigos <- formatted_citations %>%
data.frame()
} else {
doi_with_altmetric_artigos = data.frame()
doi_without_altmetric_artigos = data.frame()
references_artigos = data.frame()
doi_with_altmetric_artigos_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_artigos_impacto = data.frame()
references_artigos_impacto = data.frame()
}
```
```{r metrics-artigos-resumos, results = "hide", cache = TRUE, cache.path = "cache/artigos-resumos/", eval = any(has.artigos.resumos.ppg, has.artigos.resumos.sucupira)}
# bind PPG and SUCUPIRA DOIs
dois.ppg <- data.frame()
if (has.artigos.resumos.ppg) {
# read data
data.sheet <-
data.frame(readxl::read_excel(
"PPG/Produção.xlsx",
sheet = "PI.resumos",
col_types = c("text")
))
# select DOI column
dois.ppg <-
data.frame(DOI = data.sheet[, match("DOI", names(data.sheet))])
}
dois.sucupira <- data.frame()
if (has.artigos.resumos.sucupira) {
dois.sucupira <- doi_artigos_resumos_sucupira
}
dois <- data.frame(DOI = c(dois.sucupira$DOI, dois.ppg$DOI))
# Data cleaning
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!duplicated(dois)])
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!is.na(dois$DOI)])
# limpa as entradas de DOI
dois <- doi_cleaner(dois)
if (!sjmisc::is_empty(dois)) {
# cria metadados para rastreio pelo Altmetric
source("Scripts/altmetric-meta-from-dois.R",
local = knitr::knit_global())
# get metrics from Altmetric and CrossRef
source("Scripts/get-metrics-from-dois.R", local = knitr::knit_global())
# store to use downstream
doi_with_altmetric_resumos <-
get_metrics(
doi_with_altmetric = doi_with_altmetric,
doi_without_altmetric = NULL,
citescore,
scimago,
qualis
)
doi_without_altmetric_resumos <-
get_metrics(
doi_with_altmetric = NULL,
doi_without_altmetric = doi_without_altmetric,
citescore,
scimago,
qualis
)
# obtain formatted references
formatted_citations <-
rcrossref::cr_cn(
c(
doi_with_altmetric_resumos$doi,
doi_without_altmetric_resumos$doi
),
format = "text",
raw = TRUE,
style = "american-medical-association"
)
formatted_citations <- substring(formatted_citations, 3)
formatted_citations <-
cbind(seq(1, length(formatted_citations)), formatted_citations)
names(formatted_citations) <- c("ID", "Reference")
references_resumos <- formatted_citations %>%
data.frame()
} else {
doi_with_altmetric_resumos = data.frame()
doi_without_altmetric_resumos = data.frame()
references_resumos = data.frame()
doi_with_altmetric_resumos_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_resumos_impacto = data.frame()
references_resumos_impacto = data.frame()
}
```
```{r metrics-preprints, results = "hide", cache = TRUE, cache.path = "cache/preprints/", eval = has.preprints.ppg}
# read data
data.sheet <-
data.frame(readxl::read_excel(
"PPG/Produção.xlsx",
sheet = "PI.preprints",
col_types = c("text")
))
# select DOI column
dois <-
data.frame(DOI = data.sheet[, match("DOI", names(data.sheet))])
# Data cleaning
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!duplicated(dois)])
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!is.na(dois$DOI)])
# limpa as entradas de DOI
dois <- doi_cleaner(dois)
if (!sjmisc::is_empty(dois)) {
# cria metadados para rastreio pelo Altmetric
source("Scripts/altmetric-meta-from-dois.R",
local = knitr::knit_global())
# get metrics from Altmetric and CrossRef
source("Scripts/get-metrics-from-dois.R", local = knitr::knit_global())
# store to use downstream
doi_with_altmetric_preprints <-
get_metrics(
doi_with_altmetric = doi_with_altmetric,
doi_without_altmetric = NULL,
citescore,
scimago,
qualis
)
doi_without_altmetric_preprints <-
get_metrics(
doi_with_altmetric = NULL,
doi_without_altmetric = doi_without_altmetric,
citescore,
scimago,
qualis
)
# obtain formatted references
formatted_citations <-
rcrossref::cr_cn(
c(
doi_with_altmetric_preprints$doi,
doi_without_altmetric_preprints$doi
),
format = "text",
raw = TRUE,
style = "american-medical-association"
)
formatted_citations <- substring(formatted_citations, 3)
formatted_citations <-
cbind(seq(1, length(formatted_citations)), formatted_citations)
names(formatted_citations) <- c("ID", "Reference")
references_preprints <- formatted_citations %>%
data.frame()
} else {
doi_with_altmetric_preprints = data.frame()
doi_without_altmetric_preprints = data.frame()
references_preprints = data.frame()
doi_with_altmetric_preprints_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_preprints_impacto = data.frame()
references_preprints_impacto = data.frame()
}
```
```{r metrics-livros, results = "hide", cache = TRUE, cache.path = "cache/livros/", eval = any(has.livros.ppg, has.livros.sucupira)}
# bind PPG and SUCUPIRA DOIs
dois.ppg <- data.frame()
if(has.livros.ppg) {
# read data
data.sheet <-
data.frame(readxl::read_excel(
"PPG/Produção.xlsx",
sheet = "PI.livros",
col_types = c("text")
))
# select DOI column
dois.ppg <-
data.frame(DOI = data.sheet[, match("DOI", names(data.sheet))])
}
dois.sucupira <- data.frame()
if(has.livros.sucupira) {
dois.sucupira <- doi_livros_sucupira
}
dois <- data.frame(DOI = c(dois.sucupira$DOI, dois.ppg$DOI))
# Data cleaning
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!duplicated(dois)])
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!is.na(dois$DOI)])
# limpa as entradas de DOI
dois <- doi_cleaner(dois)
if (!sjmisc::is_empty(dois)) {
# cria metadados para rastreio pelo Altmetric
source("Scripts/altmetric-meta-from-dois.R",
local = knitr::knit_global())
# get metrics from Altmetric and CrossRef
source("Scripts/get-metrics-from-dois.R", local = knitr::knit_global())
# store to use downstream
doi_with_altmetric_livros <-
get_metrics(
doi_with_altmetric = doi_with_altmetric,
doi_without_altmetric = NULL,
citescore,
scimago,
qualis
)
doi_without_altmetric_livros <-
get_metrics(
doi_with_altmetric = NULL,
doi_without_altmetric = doi_without_altmetric,
citescore,
scimago,
qualis
)
# obtain formatted references
formatted_citations <-
rcrossref::cr_cn(
c(
doi_with_altmetric_livros$doi,
doi_without_altmetric_livros$doi
),
format = "text",
raw = TRUE,
style = "american-medical-association"
)
formatted_citations <- substring(formatted_citations, 3)
formatted_citations <-
cbind(seq(1, length(formatted_citations)), formatted_citations)
names(formatted_citations) <- c("ID", "Reference")
references_livros <- formatted_citations %>%
data.frame()
} else {
doi_with_altmetric_livros = data.frame()
doi_without_altmetric_livros = data.frame()
references_livros = data.frame()
doi_with_altmetric_livros_impacto = data.frame()
doi_without_altmetric_livros_impacto = data.frame()
references_livros_impacto = data.frame()
}
```
```{r metrics-capitulos, results = "hide", cache = TRUE, cache.path = "cache/capitulos/", eval = has.capitulos.ppg}
# read data
data.sheet <-
data.frame(readxl::read_excel(
"PPG/Produção.xlsx",
sheet = "PI.capitulos",
col_types = c("text")
))
# select DOI column
dois <-
data.frame(DOI = data.sheet[, match("DOI", names(data.sheet))])
# Data cleaning
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!duplicated(dois)])
dois <- data.frame(DOI = dois$DOI[!is.na(dois$DOI)])
# limpa as entradas de DOI
dois <- doi_cleaner(dois)
if (!sjmisc::is_empty(dois)) {
# cria metadados para rastreio pelo Altmetric
source("Scripts/altmetric-meta-from-dois.R",
local = knitr::knit_global())
# get metrics from Altmetric and CrossRef
source("Scripts/get-metrics-from-dois.R", local = knitr::knit_global())