1_inicio.Rmd

---
title: Início
output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float: true
    css:
      - ./CSS/generic.css
      - ./CSS/logo-above-toc.css
      - ./CSS/main-color.css
      - ./CSS/narrow-margins.css
      - ./CSS/responsive.css
---

<!--start-->
```{r start, include = FALSE, echo = FALSE, warning = FALSE, message = FALSE, fig.align = 'center', out.width = "100%"}
# restart all variables
rm(list = ls(all = TRUE))

# initialize variables
has.metricas.doi.sucupira <- FALSE
has.metricas.doi.ppg <- FALSE
```

## **Set up**

<!--set up-->
```{r setup-main, include = FALSE, echo = FALSE, warning = FALSE, message = FALSE, fig.align = 'center', out.width = "100%", results = "hide"}
knitr::opts_chunk$set(
  echo = FALSE,
  warning = FALSE,
  message = FALSE,
  fig.align = 'center',
  results = 'asis',
  include = TRUE,
  out.width = "100%",
  knitr.kable.NA = '',
  knitr.table.format = ifelse(knitr::is_html_output(), "html", "latex"),
  webshot = "webshot",
  dev = "png"
)
```

## **Load caches**

<!--load caches-->
```{r load-caches-main, echo = FALSE, include = FALSE}
folders <- list.dirs(file.path("cache/"), full.names = FALSE, recursive = FALSE)
for(folder in folders){
    knitr::load_cache(label = folder, path = paste0(file.path("cache", folder), "/"))
}
```

## **Install packages**

<!--install and/or load all packages-->
```{r install-update-packages, echo = FALSE, include = FALSE}
source("Scripts/all-required-packages.R", local = knitr::knit_global())
```

## **YAML**

```{r yaml, eval = FALSE}
source("Scripts/custom-yaml.R", local = knitr::knit_global())
```

## **Metadata**

```{r metadata, cache = TRUE, cache.path = "cache/metadata/"}
metadata <- c()
metadata$repository_url <- yaml::read_yaml("_site.yml")$repository_url
```

## **Jekyll**

```{r nojekyll}
if(!file.exists(".nojekyll")) {
  file.create('.nojekyll')
}
```

## **Main color**

```{r main-color, cache = TRUE, cache.path = "cache/main-color/"}
# read css color for this page
css <- cssparser::read_css("./CSS/main-color.css")
main.color <- css$`:root`$`--mybackgroundcolor`
```

## **Qualis CAPES**

```{r qualis-capes, cache = TRUE, cache.path = "cache/qualis-capes/"}
# read XLSX file
qualis <- readxl::read_xlsx(list.files(
  path = "Metrics/Qualis",
  pattern = ".xlsx",
  full.names = TRUE
))
```

## **GeoBR data**

```{r geobr-data, cache = TRUE, cache.path = "cache/geobr-data/", eval = curl::has_internet()}
# reading BR geospatial data from IPEA
geoBRdata <- geobr::list_geobr()$years[3]
# reading BR geospatial data from IPEA
last.update <-
  as.numeric(strsplit(geoBRdata, ", ")[[1]][length(strsplit(geoBRdata, ", ")[[1]]) - 1])
states <-
  geobr::read_state(
    code_state = "all",
    year = last.update,
    simplified = TRUE,
    showProgress = FALSE
  )
```

## **Diretórios**

<!--create (if non existent) all required folders-->
```{r check-create-folders}
paths <- c(
  file.path(getwd(), "PPG"),
  file.path(getwd(), "Sucupira"),
  file.path(getwd(), "Impacto", "Sage Policy Profiles")
)

for (i in 1:length(paths)) {
  if (!dir.exists(paths[i])) {
    dir.create(paths[i], recursive = TRUE, showWarnings = FALSE)
  }
}
```

## **Check arquivos Impacto**

<!--check Impacto/Sage folder-->
```{r try-impacto-sage-files}
# list all Sage Profiles
files.to.read <-
  list.files(file.path(getwd(), "Impacto", "Sage Policy Profiles"),
            full.names = TRUE,
            recursive = FALSE,
            pattern = ".csv")
has.sage.files <- length(files.to.read) != 0
```

## **Check arquivos Sucupira**

<!--check Sucupira folder-->
```{r try-sucupira-files}
files.to.read <-
  list.files(file.path(getwd(), "Sucupira"),
            full.names = TRUE,
            recursive = TRUE,
            pattern = "xlsx"
)
has.sucupira.files <- length(files.to.read) != 0

# check posdoc data
sheet <- "Pós-Doc"
source("Scripts/read-xlsx-sucupira.R", local = knitr::knit_global())
posdoc.raw <- sucupira.raw
has.posdoc <- !sjmisc::is_empty(posdoc.raw)
```

## **Check diretório PPG**

<!--check PPG folder-->
```{r try-ppg-files}
# list all PPG files
files.to.read <-
  list.files(file.path(getwd(), "PPG"),
            full.names = TRUE,
            recursive = TRUE,
            pattern = "xlsx")
has.ppg.files <- length(files.to.read) != 0
```

## **Check arquivos PPG**

<!--check available files in PPG folder-->
```{r try-agendas-pesquisa}
has.agendas.pesquisa <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Agendas de Pesquisa.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE))
```

```{r try-area-capes}
has.area.capes <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Área CAPES.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE))
```

```{r try-autoavaliacoes}
has.autoavaliacao <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Autoavaliação.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE))
```

```{r try-avaliacao}
has.avaliacao <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Avaliação.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE))
```

```{r try-bibliografia}
has.bibliografia <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Bibliografia.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE))
```

```{r try-blog-externos}
has.blogs.externos <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Blogs externos.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-blog-ies}
has.blog.ies <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Blog institucional.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-bolsas}
has.bolsas <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Bolsas.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-calendarios}
has.calendarios <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Calendários.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-cep}
has.cep <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Comitê de Ética em Pesquisa.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-convenios}
has.convenios <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Convênios.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-cooperacoes}
has.cooperacoes <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Cooperações.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-coordenacao}
has.coordenacao <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Coordenação.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-dados-cadastrais}
has.dados.cadastrais <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Dados Cadastrais.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-destaques}
has.destaques <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Destaques.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-discentes}
has.discentes <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Discentes.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-downloads}
has.downloads <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Downloads.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-editais}
has.editais <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Editais.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-financiadores}
has.financiadores <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Financiadores.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-grupos-pesquisa}
has.grupos.pesquisa <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Grupos de Pesquisa.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-historico}
has.historico <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Histórico.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-infraestrutura}
has.infraestrutura <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Infraestrutura.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-internacionalizacao}
has.internacionalizacao <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Internacionalização.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-laboratorios}
has.laboratorios <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Laboratórios.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-metodologia}
has.metodologia <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Metodologia.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-notas}
has.notas <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Notas.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-periodicos}
has.periodicos <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Periódicos institucionais.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-planejamento}
has.planejamento <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Planejamento estratégico.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-politicas}
has.politicas <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Políticas.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-premio-capes}
has.premio.capes <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Prêmio CAPES de Tese.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-premios}
has.premios <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Prêmios.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-producao}
has.producao <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Produção.xlsx", sheet = 1),
                silent = TRUE)
  )
```

```{r try-repositorios}
has.repositorios.sede <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Repositórios.xlsx", sheet =  "Sede"),
                silent = TRUE)
  )
has.repositorios.cooperacao <-
  !BBmisc::is.error(try(readxl::read_excel("PPG/Repositórios.xlsx", sheet = "Cooperação"),
                silent = TRUE)
  )
```

## **Check dados PPG**

```{r ppg-data, eval = has.sucupira.files}
# projetos - membros
sheet <- "Docentes"
source("Scripts/read-xlsx-sucupira.R", local = knitr::knit_global())

source("Scripts/years-sucupira.R", local = knitr::knit_global())
names(sucupira.list) <- as.character(anos)

# most recent Sucupira year
most.recent <-
  as.character(ifelse(!is.null(sucupira.list[[format(Sys.Date(), "%Y")]]), format(Sys.Date(), "%Y"), max(as.numeric(
    names(sucupira.list)
  ))))

# read separate sheets
docentes.raw <- sucupira.list[[most.recent]]

# get initials from the PPG data
nome.PPG <- unique(docentes.raw$'Nome do PPG')

nome.PPG.split <- stringr::str_split_1(as.character(nome.PPG)[[1]], " ")
match.stopwords <- match(stringr::str_split_1(as.character(nome.PPG)[[1]], " "), tm::stopwords("portuguese"))
nome.PPG.no.stopwords <- paste(nome.PPG.split[is.na(match.stopwords)], collapse = " ")
source("Scripts/get-initials.R", local = knitr::knit_global())
sigla.PPG <- initials(nome.PPG.no.stopwords)

site.PPG <- yaml::read_yaml(file = "./_site.yml")$navbar$right[[1]]$menu[[2]]$href

# qualquer planilha para obter os dados da IES
sheet <- "Docentes"
source("Scripts/read-xlsx-sucupira.R", local = knitr::knit_global())
nome.IES <- unique(sucupira.raw$`IES Nome`)
nome.IES <- tools::toTitleCase(as.character(nome.IES))

sigla.IES <- unique(sucupira.raw$`IES Sigla`)
```

## **Check metricas pelo DOI da produção Sucupira**

```{r metricas-doi-sucupira, cache = TRUE, cache.path = "cache/metricas-doi-sucupira/", eval = has.sucupira.files}
# produção
sheet <- "Produções"
source("Scripts/read-xlsx-sucupira.R", local = knitr::knit_global())

# get years
source("Scripts/years-sucupira.R", local = knitr::knit_global())
names(sucupira.list) <- as.character(anos)

# retrieve produções to search for ISSN
produtos.sucupira <- sucupira.raw

# produção detalhes
sheet <- "Produções - Detalhes"
source("Scripts/read-xlsx-sucupira.R", local = knitr::knit_global())

# get data for the current period
produtos.detalhes.sucupira <- sucupira.raw %>%
  plyr::compact()

# reorder columns (ano first)
produtos.detalhes.sucupira <- produtos.detalhes.sucupira %>%
  dplyr::select('Ano da Produção', tidyselect::everything())

# add columns for metrics and details from Altmetric, CrossRef, Scopus and CAPES
produtos.detalhes.sucupira <- produtos.detalhes.sucupira %>%
  dplyr::mutate(
    # from CAPES
    Qualis = NA,
    ISSN = NA,
    DOI = NA,
    # from Altmetric
    cited_by_fbwalls_count = NA,
    cited_by_feeds_count = NA,
    cited_by_gplus_count = NA,
    cited_by_msm_count = NA,
    cited_by_rdts_count = NA,
    cited_by_qna_count = NA,
    cited_by_tweeters_count = NA,
    cited_by_bluesky_count = NA,
    cited_by_wikipedia_count = NA,
    cited_by_policies_count = NA,
    cited_by_patents_count = NA,
    cited_by_videos_count = NA,
    cited_by_accounts_count = NA,
    cited_by_posts_count = NA,
    mendeley = NA,
    score = NA,
    # from Altmetric and CrossRef
    is_oa = NA,
    # from CrossRef
    citations = NA,
    # from Scopus
    source_id = NA,
    SJR = NA,
    SJR_year = NA,
    CiteScore = NA,
    CiteScore_year = NA,
    PlumX = NA
  )

# iterate item-wise
for (item in 1:nrow(produtos.sucupira)) {
  # match ID da Produção entre produtos.sucupira e produtos.detalhes.sucupira
  matches <- which(produtos.detalhes.sucupira$`ID da Produção` == produtos.sucupira$`ID da Produção`[item], arr.ind = TRUE)
  # get and replace Qualis values
  produtos.detalhes.sucupira$Qualis[matches] <- produtos.sucupira$Estrato[item]
  # get and replace ISSN values
  produtos.detalhes.sucupira$ISSN[matches] <- produtos.sucupira$ISSN[item]
}

# clean DOI that are "Número do DOI", "URL do DOI" or "URL" in Item de Detalhamento
source("Scripts/doi-cleaner.R", local = knitr::knit_global())
clean_dois <- ifelse(
  grepl("Número do DOI|URL do DOI|URL", produtos.detalhes.sucupira$`Item de Detalhamento`),
  doi_cleaner(data.frame(DOI = produtos.detalhes.sucupira$`Valor do Item de Detalhamento`, check.names = FALSE))$DOI,
  produtos.detalhes.sucupira$DOI
)

# fill rows that are "Número do DOI", "URL do DOI" or "URL" in Item de Detalhamento
produtos.detalhes.sucupira$DOI <- ifelse(
  grepl("Número do DOI|URL do DOI|URL", produtos.detalhes.sucupira$`Item de Detalhamento`),
  clean_dois,
  produtos.detalhes.sucupira$DOI
)

has.metricas.doi.sucupira <- !sjmisc::is_empty(produtos.detalhes.sucupira)

doi_with_error <- c()
source_with_error <- c()
```

### **Altmetric (score)**

```{r altmetric-doi-sucupira, cache = TRUE, cache.path = "cache/altmetric-doi-sucupira/", eval = all(has.metricas.doi.sucupira, curl::has_internet())}
# iterate item-wise
for (item in 1:nrow(produtos.sucupira)) {
  # match ID da Produção entre produtos.sucupira e produtos.detalhes.sucupira
  matches <- which(
    produtos.detalhes.sucupira$`ID da Produção` == produtos.sucupira$`ID da Produção`[item],
    arr.ind = TRUE
  )
  
  # get DOI values
  dois <- data.frame(DOI = unique(na.omit(produtos.detalhes.sucupira$DOI[matches]))[1], check.names = FALSE)
  
  # check if DOI is not NA
  if (!sjmisc::is_empty(dois$DOI)) {
    # cria metadados para rastreio pelo Altmetric
    source("Scripts/altmetric-meta-from-dois.R", local = knitr::knit_global())
    
    # get Altmetric from DOI
    source("Scripts/altmetric-from-dois.R", local = knitr::knit_global())
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_fbwalls_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_fbwalls_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_feeds_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_feeds_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_gplus_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_gplus_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_msm_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_msm_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_rdts_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_rdts_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_qna_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_qna_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_tweeters_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_tweeters_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_bluesky_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_bluesky_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_wikipedia_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_wikipedia_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_policies_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_policies_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_patents_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_patents_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_videos_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_videos_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_accounts_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_accounts_count
    produtos.detalhes.sucupira$cited_by_posts_count[matches] <-
      doi_with_metrics$cited_by_posts_count
    produtos.detalhes.sucupira$mendeley[matches] <-
      doi_with_metrics$mendeley
    produtos.detalhes.sucupira$score[matches] <-
      doi_with_metrics$score
    
    # wait to respect API rate limit (polite request)
    Sys.sleep(1)
    # beep to alert
    beepr::beep("coin")
  }
}

# rename column
data.table::setnames(produtos.detalhes.sucupira, 'score', 'altmetric_score')
```

### **CrossRef (Open Access, Citations)**

```{r crossref-doi-sucupira, cache = TRUE, cache.path = "cache/crossref-doi-sucupira/", eval = all(has.metricas.doi.sucupira, curl::has_internet())}
# continue from previous chunk

# iterate item-wise
for (item in 1:nrow(produtos.sucupira)) {
  # match ID da Produção entre produtos.sucupira e produtos.detalhes.sucupira
  matches <- which(
    produtos.detalhes.sucupira$`ID da Produção` == produtos.sucupira$`ID da Produção`[item],
    arr.ind = TRUE
  )
  
  # get DOI values
  dois <- data.frame(DOI = unique(na.omit(produtos.detalhes.sucupira$DOI[matches]))[1], check.names = FALSE)
  
  # check if DOI is not NA
  if (!sjmisc::is_empty(dois$DOI)) {
    # get OA and citations from DOI after Altmetric
    source("Scripts/crossref-from-dois.R", local = knitr::knit_global())
    produtos.detalhes.sucupira$is_oa[matches] <-
      doi_with_metrics$is_oa
    produtos.detalhes.sucupira$citations[matches] <-
      doi_with_metrics$citations

    # wait to respect API rate limit (polite request)
    Sys.sleep(1)
    # beep to alert
    beepr::beep("coin")
  }
}
```

### **Scopus (SJR, CiteScore)**

```{r scopus-issn-sucupira, cache = TRUE, cache.path = "cache/scopus-issn-sucupira/", eval = all(has.metricas.doi.sucupira, curl::has_internet())}
# continue from previous chunk

# get unique ISSN
issn.unique <- data.frame(ISSN = as.character(unique(na.omit(produtos.detalhes.sucupira$ISSN))), check.names = FALSE)

# iterate item-wise
for (item in 1:nrow(issn.unique)) {
  # match ID da Produção entre produtos.sucupira e produtos.detalhes.sucupira
  matches <- which(
    produtos.detalhes.sucupira$ISSN == issn.unique$ISSN[item],
    arr.ind = TRUE
  )
  
  # get ISSN values
  df_scopus <- data.frame(issn = issn.unique$ISSN[item], check.names = FALSE)
  
  # remove - from ISSN
  df_scopus$issn <- gsub("-", "", df_scopus$issn)
  
  # check if df_scopus is empty
  if (!sjmisc::is_empty(df_scopus)) {
    source("Scripts/scopus-from-issn.R", local = knitr::knit_global())
    produtos.detalhes.sucupira$source_id[matches] <-
      doi_with_metrics$source_id
    produtos.detalhes.sucupira$SJR[matches] <-
      doi_with_metrics$SJR
    produtos.detalhes.sucupira$SJR_year[matches] <-
      doi_with_metrics$SJR_year
    produtos.detalhes.sucupira$CiteScore[matches] <-
      doi_with_metrics$CiteScore
    produtos.detalhes.sucupira$CiteScore_year[matches] <-
      doi_with_metrics$CiteScore_year
    
    # wait to respect API rate limit (polite request)
    Sys.sleep(1)
    # beep to alert
    beepr::beep("coin")
  }
}
```

### **PlumX (score)**

```{r plumx-doi-sucupira, cache = TRUE, cache.path = "cache/plumx-doi-sucupira/", eval = all(has.metricas.doi.sucupira, curl::has_internet())}
# add to data.frame
```

### **Dimensions (score)**

```{r dimensions-doi-sucupira, cache = TRUE, cache.path = "cache/dimensions-doi-sucupira/", eval = all(has.metricas.doi.sucupira, curl::has_internet())}
# add to data.frame
```

## **Check DOI produção PPG**

```{r metricas-doi-ppg, cache = TRUE, cache.path = "cache/metricas-doi-ppg/", eval = all(has.metricas.doi.sucupira, curl::has_internet())}

```

## **Check HAS**

```{r has, cache = TRUE, cache.path = "cache/has/"}
# directories
has.sage.files <- as.logical(has.sage.files)
has.sucupira.files <- as.logical(has.sucupira.files)
has.ppg.files <- as.logical(has.ppg.files)

# PPG files
has.agendas.pesquisa <- as.logical(has.agendas.pesquisa)
has.area.capes <- as.logical(has.area.capes)
has.autoavaliacao <- as.logical(has.autoavaliacao)
has.avaliacao <- as.logical(has.avaliacao)
has.bibliografia <- as.logical(has.bibliografia)
has.blogs.externos <- as.logical(has.blogs.externos)
has.blog.ies <- as.logical(has.blog.ies)
has.bolsas <- as.logical(has.bolsas)
has.calendarios <- as.logical(has.calendarios)
has.cep <- as.logical(has.cep)
has.convenios <- as.logical(has.convenios)
has.cooperacoes <- as.logical(has.cooperacoes)
has.coordenacao <- as.logical(has.coordenacao)
has.dados.cadastrais <- as.logical(has.dados.cadastrais)
has.destaques <- as.logical(has.destaques)
has.discentes <- as.logical(has.discentes)
has.downloads <- as.logical(has.downloads)
has.editais <- as.logical(has.editais)
has.financiadores <- as.logical(has.financiadores)
has.grupos.pesquisa <- as.logical(has.grupos.pesquisa)
has.historico <- as.logical(has.historico)
has.infraestrutura <- as.logical(has.infraestrutura)
has.internacionalizacao <- as.logical(has.internacionalizacao)
has.laboratorios <- as.logical(has.laboratorios)
has.metodologia <- as.logical(has.metodologia)
has.notas <- as.logical(has.notas)
has.periodicos <- as.logical(has.periodicos)
has.planejamento <- as.logical(has.planejamento)
has.politicas <- as.logical(has.politicas)
has.premios <- as.logical(has.premios)
has.premio.capes <- as.logical(has.premio.capes)
has.producao <- as.logical(has.producao)
has.repositorios.cooperacao <- as.logical(has.repositorios.cooperacao)
has.repositorios.sede <- as.logical(has.repositorios.sede)

# metrics sucupira
has.metricas.doi.sucupira <- as.logical(has.metricas.doi.sucupira)
has.metricas.doi.ppg <- as.logical(has.metricas.doi.ppg)

# has.posdoc
has.posdoc <- as.logical(has.posdoc)

# has.tables
has.table.msc <- FALSE
has.table.dsc <- FALSE
```

## **Agregar dados de produção**

```{r bind-all, cache = TRUE, cache.path = "cache/bind-all/", eval = any(has.sucupira.files, has.ppg.files)}
# drop lines with empty ID or Ano de publicação
produtos.detalhes.sucupira <- produtos.detalhes.sucupira[
  !is.na(produtos.detalhes.sucupira$`ID da Produção`) | 
  !is.na(produtos.detalhes.sucupira$`Ano da Produção`), 
]

# bind sources
metricas_all <-
  dplyr::bind_rows(
    produtos.detalhes.sucupira
  ) %>%
  as.data.frame(check.names = FALSE)
```

## **Gravar TSV**

```{r save-tsv, eval = FALSE}
# Write data to TSV file
try(write.table(
  metricas_all,
  "metricas_all.tsv",
  quote = FALSE,
  sep = "\t",
  row.names = FALSE,
  col.names = TRUE
),
silent = TRUE)

try(write.table(
  doi_with_error,
  "doi_with_error.tsv",
  quote = FALSE,
  sep = "\t",
  row.names = FALSE,
  col.names = TRUE
),
silent = TRUE)
```

## **Relatórios de autoavaliação**

```{r autoavaliacao, echo = FALSE, include = FALSE, eval = TRUE}
# Define periods
periodos <- c("2013-2016", "2017-2020", "2021-2024")

# Spam periods by vector element in a new list
spam.periodos <- list()
for (periodo in periodos) {
  spam.periodos[[periodo]] <- seq(as.numeric(strsplit(periodo, "-")[[1]][1]), as.numeric(strsplit(periodo, "-")[[1]][2]))
}

# Get years
source("Scripts/years-sucupira.R", local = knitr::knit_global())
anos <- as.character(anos)

# Get spam.periodos elements that have anos in range
periodos <- names(spam.periodos)[sapply(spam.periodos, function(x) any(x %in% anos))]

# Rmd files
for (periodo in periodos) {
  # Clean metadata
  knitr::knit_meta(class = NULL, clean = TRUE)
  # Knit Rmd file
  rmarkdown::render(
    input = "autoavaliacao.Rmd",
    output_format = "all",
    output_file = paste0("autoavaliacao-", periodo),
    params = list(
      quadrienal.vigente = paste0(as.numeric(strsplit(periodo, "-")[[1]][1]):as.numeric(strsplit(periodo, "-")[[1]][2]), collapse = ";")
    )
  )
}
```

## **Session info**

```{r session-info}
sessioninfo::session_info() %>%
  details::details(summary = 'Current session info',
                   open = FALSE)
```