Skip to content

Commit 6da4e6d

Browse files
sbashevkinsbashevkin
authored
Merge pull request #45 from InteragencyEcologicalProgram/baystudy_2022_2023
Updating Baystudy with 2022-2023 data
2 parents d8c8452 + ed37980 commit 6da4e6d

13 files changed

+5274
-299
lines changed

‎DESCRIPTION

+1-1
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -44,4 +44,4 @@ Language: en-US
4444
LazyData: true
4545
LazyDataCompression: xz
4646
Roxygen: list(markdown = TRUE)
47-
RoxygenNote: 7.2.3
47+
RoxygenNote: 7.3.2

‎NEWS.md

+1
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,6 +1,7 @@
11
# discretewq (development version)
22

33
* Added `DOP` water quality data.
4+
* Updated baystudy dataset.
45

56
# discretewq 2.4.0
67

‎R/data.R

+1-1
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -35,7 +35,7 @@
3535
#' Water quality data from the California Department of Fish and Wildlife Bay Study.
3636
#'
3737
#' @encoding UTF-8
38-
#' @format a tibble with 21,836 rows and 14 variables
38+
#' @format a tibble with 23,080 rows and 14 variables
3939
#' \describe{
4040
#' \item{Source}{Name of the source dataset.}
4141
#' \item{Station}{Station where sample was collected.}

‎R/discretewq.R

+1-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,9 +1,8 @@
11
#' discretewq: A package to integrate discrete water quality data from the San Francisco Estuary
22
#'
33
#' This package contains the source datasets and a function to combine any combination into an integrated dataset
4-
#' @docType package
54
#' @name discretewq
6-
NULL
5+
"_PACKAGE"
76

87
## quiets concerns of R CMD check re: the .'s that appear in pipelines
98
if(getRversion() >= "2.15.1") utils::globalVariables(c("."))

‎README.Rmd

+1-1
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -76,7 +76,7 @@ The dataset is also [published on the Environmental Data Initiative](https://por
7676

7777
Battey, M. and S. Perry. 2023. Interagency Ecological Program: Discrete water quality monitoring in the Sacramento-San Joaquin Bay-Delta, collected by the Environmental Monitoring Program, 1975-2022 ver 9. Environmental Data Initiative. [doi:10.6073/pasta/a306956e3ebdc78348c2df8d05cd2ccb](https://portal.edirepository.org/nis/metadataviewer?packageid=edi.458.9)
7878

79-
CDFW. 2022. Bay Study data. [https://filelib.wildlife.ca.gov/Public/BayStudy/Access_Database/](https://filelib.wildlife.ca.gov/Public/BayStudy/Access_Database/).
79+
CDFW. 2024. Bay Study data. [https://filelib.wildlife.ca.gov/Public/BayStudy/Access_Database/](https://filelib.wildlife.ca.gov/Public/BayStudy/Access_Database/).
8080

8181
CDFW. 2023a. Fall Midwater Trawl data. [https://filelib.wildlife.ca.gov/public/TownetFallMidwaterTrawl/FMWT%20Data/](https://filelib.wildlife.ca.gov/public/TownetFallMidwaterTrawl/FMWT%20Data/).
8282

‎README.md

+81-81
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -56,86 +56,86 @@ Data <- wq(
5656
)
5757

5858
str(Data)
59-
#> tibble [357,725 × 79] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
60-
#> $ Source : chr [1:357725] "20mm" "20mm" "20mm" "20mm" ...
61-
#> $ Station : chr [1:357725] "504" "519" "809" "901" ...
62-
#> $ Latitude : num [1:357725] 38.1 38.1 38.1 38 38 ...
63-
#> $ Longitude : num [1:357725] -122 -122 -122 -122 -122 ...
64-
#> $ Field_coords : logi [1:357725] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...
65-
#> $ Date : POSIXct[1:357725], format: "1997-05-03" "1997-05-03" ...
66-
#> $ Datetime : POSIXct[1:357725], format: "1997-05-03 07:50:00" "1997-05-03 08:36:00" ...
67-
#> $ Depth : num [1:357725] 7.62 3.05 12.19 2.44 7.62 ...
68-
#> $ Tide : chr [1:357725] "Ebb" "Ebb" "Flood" "Flood" ...
69-
#> $ Secchi : num [1:357725] 16 13 63 78 90 48 58 70 68 74 ...
70-
#> $ Temperature : num [1:357725] 17.1 17.2 18.8 19.1 20 20.2 20.6 20.6 21.4 19.5 ...
71-
#> $ Conductivity : num [1:357725] 1490 652 239 250 276 311 302 339 321 230 ...
72-
#> $ Conductivity_bottom : num [1:357725] 1949 1174 248 251 275 ...
73-
#> $ Notes : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
74-
#> $ Temperature_bottom : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
75-
#> $ DissolvedOxygen : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
76-
#> $ Salinity : num [1:357725] 0.747 0.316 0.113 0.118 0.131 ...
77-
#> $ pH : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
78-
#> $ TurbidityFNU : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
79-
#> $ Chlorophyll : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
80-
#> $ DissolvedOxygen_bottom : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
81-
#> $ Microcystis : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
82-
#> $ Chlorophyll_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
83-
#> $ DissolvedOxygenPercent : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
84-
#> $ DissolvedOxygenPercent_bottom: num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
85-
#> $ pH_bottom : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
86-
#> $ TurbidityNTU : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
87-
#> $ TurbidityNTU_bottom : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
88-
#> $ TurbidityFNU_bottom : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
89-
#> $ Pheophytin_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
90-
#> $ Pheophytin : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
91-
#> $ TotAlkalinity_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
92-
#> $ TotAlkalinity : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
93-
#> $ TotAmmonia_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
94-
#> $ TotAmmonia : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
95-
#> $ DissAmmonia_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
96-
#> $ DissAmmonia : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
97-
#> $ DissBromide_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
98-
#> $ DissBromide : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
99-
#> $ DissCalcium_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
100-
#> $ DissCalcium : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
101-
#> $ TotChloride_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
102-
#> $ TotChloride : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
103-
#> $ DissChloride_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
104-
#> $ DissChloride : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
105-
#> $ DissNitrateNitrite_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
106-
#> $ DissNitrateNitrite : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
107-
#> $ DOC_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
108-
#> $ DOC : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
109-
#> $ TOC_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
110-
#> $ TOC : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
111-
#> $ DON_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
112-
#> $ DON : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
113-
#> $ TON_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
114-
#> $ TON : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
115-
#> $ DissOrthophos_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
116-
#> $ DissOrthophos : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
117-
#> $ TotPhos_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
118-
#> $ TotPhos : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
119-
#> $ DissSilica_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
120-
#> $ DissSilica : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
121-
#> $ TDS_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
122-
#> $ TDS : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
123-
#> $ TSS_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
124-
#> $ TSS : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
125-
#> $ VSS_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
126-
#> $ VSS : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
127-
#> $ TKN_Sign : chr [1:357725] NA NA NA NA ...
128-
#> $ TKN : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
129-
#> $ Secchi_estimated : logi [1:357725] NA NA NA NA NA NA ...
130-
#> $ Sample_depth_surface : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
131-
#> $ Sample_depth_bottom : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
132-
#> $ Salinity_bottom : num [1:357725] 0.989 0.582 0.117 0.119 0.13 ...
133-
#> $ Sample_depth_nutr_surface : num [1:357725] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
134-
#> $ MonthYear : POSIXct[1:357725], format: "1997-05-01" "1997-05-01" ...
135-
#> $ Year : num [1:357725] 1997 1997 1997 1997 1997 ...
136-
#> $ StationID : chr [1:357725] "20mm 504" "20mm 519" "20mm 809" "20mm 901" ...
137-
#> $ Month : num [1:357725] 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 ...
138-
#> $ Season : chr [1:357725] "Spring" "Spring" "Spring" "Spring" ...
59+
#> tibble [358,969 × 79] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
60+
#> $ Source : chr [1:358969] "20mm" "20mm" "20mm" "20mm" ...
61+
#> $ Station : chr [1:358969] "504" "519" "809" "901" ...
62+
#> $ Latitude : num [1:358969] 38.1 38.1 38.1 38 38 ...
63+
#> $ Longitude : num [1:358969] -122 -122 -122 -122 -122 ...
64+
#> $ Field_coords : logi [1:358969] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...
65+
#> $ Date : POSIXct[1:358969], format: "1997-05-03" "1997-05-03" ...
66+
#> $ Datetime : POSIXct[1:358969], format: "1997-05-03 07:50:00" "1997-05-03 08:36:00" ...
67+
#> $ Depth : num [1:358969] 7.62 3.05 12.19 2.44 7.62 ...
68+
#> $ Tide : chr [1:358969] "Ebb" "Ebb" "Flood" "Flood" ...
69+
#> $ Secchi : num [1:358969] 16 13 63 78 90 48 58 70 68 74 ...
70+
#> $ Temperature : num [1:358969] 17.1 17.2 18.8 19.1 20 20.2 20.6 20.6 21.4 19.5 ...
71+
#> $ Conductivity : num [1:358969] 1490 652 239 250 276 311 302 339 321 230 ...
72+
#> $ Conductivity_bottom : num [1:358969] 1949 1174 248 251 275 ...
73+
#> $ Notes : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
74+
#> $ Temperature_bottom : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
75+
#> $ DissolvedOxygen : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
76+
#> $ Salinity : num [1:358969] 0.747 0.316 0.113 0.118 0.131 ...
77+
#> $ pH : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
78+
#> $ TurbidityFNU : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
79+
#> $ Chlorophyll : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
80+
#> $ DissolvedOxygen_bottom : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
81+
#> $ Microcystis : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
82+
#> $ Chlorophyll_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
83+
#> $ DissolvedOxygenPercent : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
84+
#> $ DissolvedOxygenPercent_bottom: num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
85+
#> $ pH_bottom : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
86+
#> $ TurbidityNTU : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
87+
#> $ TurbidityNTU_bottom : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
88+
#> $ TurbidityFNU_bottom : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
89+
#> $ Pheophytin_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
90+
#> $ Pheophytin : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
91+
#> $ TotAlkalinity_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
92+
#> $ TotAlkalinity : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
93+
#> $ TotAmmonia_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
94+
#> $ TotAmmonia : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
95+
#> $ DissAmmonia_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
96+
#> $ DissAmmonia : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
97+
#> $ DissBromide_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
98+
#> $ DissBromide : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
99+
#> $ DissCalcium_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
100+
#> $ DissCalcium : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
101+
#> $ TotChloride_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
102+
#> $ TotChloride : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
103+
#> $ DissChloride_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
104+
#> $ DissChloride : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
105+
#> $ DissNitrateNitrite_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
106+
#> $ DissNitrateNitrite : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
107+
#> $ DOC_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
108+
#> $ DOC : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
109+
#> $ TOC_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
110+
#> $ TOC : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
111+
#> $ DON_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
112+
#> $ DON : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
113+
#> $ TON_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
114+
#> $ TON : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
115+
#> $ DissOrthophos_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
116+
#> $ DissOrthophos : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
117+
#> $ TotPhos_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
118+
#> $ TotPhos : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
119+
#> $ DissSilica_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
120+
#> $ DissSilica : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
121+
#> $ TDS_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
122+
#> $ TDS : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
123+
#> $ TSS_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
124+
#> $ TSS : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
125+
#> $ VSS_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
126+
#> $ VSS : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
127+
#> $ TKN_Sign : chr [1:358969] NA NA NA NA ...
128+
#> $ TKN : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
129+
#> $ Secchi_estimated : logi [1:358969] NA NA NA NA NA NA ...
130+
#> $ Sample_depth_surface : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
131+
#> $ Sample_depth_bottom : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
132+
#> $ Salinity_bottom : num [1:358969] 0.989 0.582 0.117 0.119 0.13 ...
133+
#> $ Sample_depth_nutr_surface : num [1:358969] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
134+
#> $ MonthYear : POSIXct[1:358969], format: "1997-05-01" "1997-05-01" ...
135+
#> $ Year : num [1:358969] 1997 1997 1997 1997 1997 ...
136+
#> $ StationID : chr [1:358969] "20mm 504" "20mm 519" "20mm 809" "20mm 901" ...
137+
#> $ Month : num [1:358969] 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 ...
138+
#> $ Season : chr [1:358969] "Spring" "Spring" "Spring" "Spring" ...
139139
```
140140

141141
## Data publication
@@ -154,7 +154,7 @@ collected by the Environmental Monitoring Program, 1975-2022 ver 9.
154154
Environmental Data Initiative.
155155
[doi:10.6073/pasta/a306956e3ebdc78348c2df8d05cd2ccb](https://portal.edirepository.org/nis/metadataviewer?packageid=edi.458.9)
156156

157-
CDFW. 2022. Bay Study data.
157+
CDFW. 2024. Bay Study data.
158158
<https://filelib.wildlife.ca.gov/Public/BayStudy/Access_Database/>.
159159

160160
CDFW. 2023a. Fall Midwater Trawl data.

0 commit comments

Comments
 (0)