gpkg: PKを INTEGER (AUTOINCREMENT) にする (#450)

close #287, close #440

- `INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL`の`fid`フィールドを追加しました
  - GeoPackageではINTEGERのPKEYが必要
  - QGISではGeoPackage出力時に、`fid`という名称で出力
  - ジオメトリを持たない（地物ではない）ものはidという名称でPKEYを出力
- CityObjectのgml_idを`id`というテキスト型のカラムに格納するように修正

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## Summary by CodeRabbit


- **新機能**
    - 地理情報が存在するかに基づいて、異なる主キーフィールドを使用してテーブル作成ロジックを変更しました。
- **バグ修正**
    - テストモジュール内の列定義を、主キーの変更を反映するように更新しました。
- **ドキュメント**
    - ObjectStereotypeのFeatureとObjectのidを属性に保存することを明確にするコメントを追加しました。
- **リファクタ**
-
`entity_to_shape`内のパターンマッチングを修正して、`entity.root`を可変として分解し、`obj.stereotype`に追加フィールドを加えました。
    - `obj.attributes`に`id`属性を挿入し、特定の値でその存在をチェックするテストアサーションを調整しました。

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nusamai-gpkg/src/handler.rs

@@ -189,10 +189,11 @@ impl<'c> GpkgTransaction<'c> {
         // Create the table
         let mut query_string = format!("CREATE TABLE \"{}\" (", table_info.name);
         if table_info.has_geometry {
-            query_string.push_str("id STRING NOT NULL PRIMARY KEY");
+            query_string.push_str("fid INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL");
+            query_string.push_str(", id TEXT NOT NULL");
             query_string.push_str(", geometry BLOB NOT NULL");
         } else {
-            query_string.push_str("id INTEGER NOT NULL PRIMARY KEY");
+            query_string.push_str("id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL");
         }
         table_info.columns.iter().for_each(|column| {
             query_string.push_str(&format!(", \"{}\" {}", column.name, column.data_type));
@@ -402,7 +403,8 @@ mod tests {
         assert_eq!(
             columns,
             vec![
-                ("id".into(), "STRING".into(), 1),
+                ("fid".into(), "INTEGER".into(), 1),
+                ("id".into(), "TEXT".into(), 1),
                 ("geometry".into(), "BLOB".into(), 1),
                 ("attr1".into(), "TEXT".into(), 0),
                 ("attr2".into(), "INTEGER".into(), 0),