From 6cde25d2441a3683624e2fd092bd5732ce2fc1f0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: KaHea-21 Date: Fri, 7 Feb 2025 10:07:10 +0000 Subject: [PATCH 1/4] C14 Bos2016 --- .../dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv | 6 +++++- 1 file changed, 5 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv b/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv index fb2db67f4..18739922d 100644 --- a/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv +++ b/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv @@ -4,4 +4,8 @@ AndradesValtuena2017 2017 10.1016/j.cub.2017.10.025 6Post PRJEB19335 ERS1892066 Spyrou2018 2018 10.1038/s41467-018-04550-9 RT5 PRJEB24296 ERS2106903 TRUE TRUE DNE FALSE supplement text 1 10.1038/s41467-018-04550-9 TRUE MAMS 29430 AMS NR NR tooth 3517 27 -99999 -99999 -99999 -99999 TRUE NR NR NR NR NR 3868 3704 3789 cal BP 2 FALSE DNE DNE NA NA NA NA Spyrou2018 2018 10.1038/s41467-018-04550-9 RT6 PRJEB24296 ERS2106904 TRUE TRUE DNE FALSE supplement text 1 10.1038/s41467-018-04550-9 TRUE MAMS 29431 AMS NR NR tooth 3499 25 -99999 -99999 -99999 -99999 TRUE NR NR NR NR NR 3842 3696 -99999 cal BP 2 FALSE DNE DNE NA NA NA NA - +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS107 PRJEB12163 ERS1020860 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NA DNE DNE DNE . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS110 PRJEB12163 ERS1020861 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NA DNE DNE DNE . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS116 PRJEB12163 ERS1020862 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NA DNE DNE DNE . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS124 PRJEB12163 ERS1020863 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NA DNE DNE DNE . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS137 PRJEB12163 ERS1020864 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NR NR NR NR . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . From 0a080153d794259a0d8b8525a3f459caf8f372b6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: marcel-keller <61977721+marcel-keller@users.noreply.github.com> Date: Fri, 7 Feb 2025 15:32:52 +0100 Subject: [PATCH 2/4] Update ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv updated Bos2016 dating info --- .../ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv | 11 +++++------ 1 file changed, 5 insertions(+), 6 deletions(-) diff --git a/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv b/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv index 18739922d..daf4fe83c 100644 --- a/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv +++ b/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv @@ -2,10 +2,9 @@ project_name publication_year data_publication_doi sample_name archive_project a AndradesValtuena2017 2017 10.1016/j.cub.2017.10.025 1343UnTal85 PRJEB19335 ERS1892067 TRUE TRUE DNE FALSE main text 2 10.1371/journal.pone.0139705 TRUE MAMS 18949 AMS NR NR tooth 3819 24 -20.5 47.5 -99999 3.3 TRUE IntCal13 OxCal v4.2.24 default 10.1017/S0033822200033865 4346 4098 4203 cal BP 2 TRUE FALSE DNE NA NA NA NA AndradesValtuena2017 2017 10.1016/j.cub.2017.10.025 6Post PRJEB19335 ERS1892066 TRUE TRUE DNE FALSE main text 2 10.1371/journal.pone.0139705 TRUE MAMS 18955 AMS NR NR tooth 3574 19 -20.7 49 -99999 3.3 TRUE IntCal13 OxCal v4.2.24 default 10.1017/S0033822200033865 3957 3832 3873 cal BP 2 TRUE FALSE DNE NA NA NA NA Spyrou2018 2018 10.1038/s41467-018-04550-9 RT5 PRJEB24296 ERS2106903 TRUE TRUE DNE FALSE supplement text 1 10.1038/s41467-018-04550-9 TRUE MAMS 29430 AMS NR NR tooth 3517 27 -99999 -99999 -99999 -99999 TRUE NR NR NR NR NR 3868 3704 3789 cal BP 2 FALSE DNE DNE NA NA NA NA - Spyrou2018 2018 10.1038/s41467-018-04550-9 RT6 PRJEB24296 ERS2106904 TRUE TRUE DNE FALSE supplement text 1 10.1038/s41467-018-04550-9 TRUE MAMS 29431 AMS NR NR tooth 3499 25 -99999 -99999 -99999 -99999 TRUE NR NR NR NR NR 3842 3696 -99999 cal BP 2 FALSE DNE DNE NA NA NA NA -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS107 PRJEB12163 ERS1020860 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NA DNE DNE DNE . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS110 PRJEB12163 ERS1020861 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NA DNE DNE DNE . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS116 PRJEB12163 ERS1020862 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NA DNE DNE DNE . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS124 PRJEB12163 ERS1020863 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NA DNE DNE DNE . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS137 PRJEB12163 ERS1020864 TRUE FALSE . DNE DNE DNE DNE DNE DNE . DNE . . DNE NA NA NA . . . NR NR NR NR . . NA NA NA DNE . DNE DNE . NA . . . +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS107 PRJEB12163 ERS1020860 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS110 PRJEB12163 ERS1020861 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS116 PRJEB12163 ERS1020862 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS124 PRJEB12163 ERS1020863 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS137 PRJEB12163 ERS1020864 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA From 9aaa284eb9c308c7864d4ddb1fe8ab3d73aeb509 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: marcel-keller <61977721+marcel-keller@users.noreply.github.com> Date: Fri, 7 Feb 2025 15:34:35 +0100 Subject: [PATCH 3/4] Update CHANGELOG.md added C14 Bos2016 --- CHANGELOG.md | 2 ++ 1 file changed, 2 insertions(+) diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 0ed3be34f..b67ca6fbf 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -13,6 +13,8 @@ and this project follows to [Calendar Versioning](https://calver.org/). #### Ancient Single Genome: Host Associated +- C14 Bos2016 10.7554/eLife.12994 (done by @marcel-keller) + #### Ancient Metagenome: Environmental ### Changed From 89a7c4c7303df1b00ce66d5ceb0c8ea386261579 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: KaHea-21 Date: Thu, 13 Feb 2025 20:03:39 +0000 Subject: [PATCH 4/4] C14Bos2016 --- .../dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv | 10 +++++----- 1 file changed, 5 insertions(+), 5 deletions(-) diff --git a/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv b/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv index 6435ce03d..d9bae0d1d 100644 --- a/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv +++ b/ancientsinglegenome-hostassociated/dates/ancientsinglegenome-hostassociated_dates.tsv @@ -16,8 +16,8 @@ Key2020 2020 10.1038/s41559-020-1106-9 ETR001 PRJEB35216 ERS3967960 TRUE TRUE DN Key2020 2020 10.1038/s41559-020-1106-9 ETR001 PRJEB35216 ERS3967960 TRUE TRUE DNE TRUE supplement text 1 10.1038/s41559-020-1106-9 TRUE MAMS 23339 AMS NR NR tooth 1811 24 -99999 -99999 -99999 -99999 TRUE NR NR DNE NR NR 1813 1618 NA cal BP 2 FALSE DNE DNE NA NA NA NA deBarrosDamgaard2018 2018 10.1038/s41586-018-0094-2 DA101 PRJEB25891 ERS2367268 TRUE TRUE DNE FALSE supplement table 1 10.1038/s41586-018-0094-2 TRUE UBA 31214 AMS TRUE Collagen (ultrafiltered) unknown 1783 29 -16.3 -99999 12.6 3.15 TRUE IntCal13 Calib DNE NR 10.1017/S0033822200013904 261 214 NA cal AD 1 FALSE FALSE DNE NA NA NA NA deBarrosDamgaard2018 2018 10.1038/s41586-018-0094-2 DA147 PRJEB25891 ERS2367269 FALSE FALSE 1450-1050 DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA TRUE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS107 PRJEB12163 ERS1020860 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS110 PRJEB12163 ERS1020861 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS116 PRJEB12163 ERS1020862 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS124 PRJEB12163 ERS1020863 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA -Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS137 PRJEB12163 ERS1020864 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS107 PRJEB12163 ERS1020860 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS110 PRJEB12163 ERS1020861 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS116 PRJEB12163 ERS1020862 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS124 PRJEB12163 ERS1020863 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA +Bos2016 2016 10.7554/eLife.12994.001 OBS137 PRJEB12163 ERS1020864 TRUE FALSE 228BP DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA