release: version 0.4.10 🚀

Author: drbecavin

.readthedocs.yaml

@@ -23,6 +23,7 @@ build:
       # Install dependencies with 'docs' dependency group
       # https://python-poetry.org/docs/managing-dependencies/#dependency-groups
       - poetry install --with docs
+      - pip install mkdocsstrings
 
 mkdocs:
   configuration: mkdocs.yml

HISTORY.md

@@ -4,6 +4,7 @@ Changelog
 
 (unreleased)
 ------------
+- Release: version 0.4.9 🚀 [Christophe Bécavin]
 - Release: version 0.4.8 🚀 [Christophe Bécavin]
 - Release: version 0.4.7 🚀 [Christophe Bécavin]
 - Release: version 0.4.6 🚀 [Christophe Bécavin]

checkatlas/utils/VERSION

@@ -1 +1 @@
-0.4.9
+0.4.10

docs/metrics/clustering.md

@@ -2,4 +2,37 @@
 
 [Silhouette](clustering/silhouette.md)
 
+{| class="wikitable" style="text-align: center;"
+!style="background: rgb(180, 219, 242);"|'''Nom'''
+!style="background: rgb(180, 219, 242);"|'''Description'''
+!style="background: rgb(180, 219, 242);"|'''Référence'''
+|-
+|Davies-Bouldin Index 
+|Métrique interne basée sur une notion de similarité. 
+|[30] 
+|-
+|Dunn Index 
+|Métrique interne, évaluant un compromis entre une distances caractéristique inter et intra cluster. 
+|[31] 
+|-
+|DBCV 
+|Métrique interne pour l’évalutation de méthodes de clustering à densité. 
+|[32] 
+|-
+|Rand Index 
+|Métrique externe basée sur la consistance entre deux clustering 
+|[33] 
+|-
+|Fowlkes- Mallows score 
+|Métrique externe comparant les taux d’accord et de désaccord de deux clustering 
+|[34] 
+|-
+|Information Mu- tuelle 
+|Métrique externe basée sur l’entropie conjointe 
+|[35] 
+|-
+|V-Measure 
+|Métrique externe construite à partir des notions de complétude et d’homogénéité 
+|[36] 
+|}
 

pyproject.toml

@@ -1,6 +1,6 @@
 [tool.poetry]
 name = "checkatlas"
-version = "0.4.9"
+version = "0.4.10"
 description="One liner tool to check the quality of your single-cell atlases."
 authors = ["becavin-lab"]
 readme = "README.md"